Les fonctionnaires bénéficient des droits suivants :

• droit à rémunération et à pension de retraite : le fonctionnaire a droit à une rémunération après service fait (traitement, primes et indemnités). Le fonctionnaire a également droit à la retraite et au versement d’une pension ;
• droit à l'avancement ;
• droit à des congés : congés annuels, de formation, maternité, parental ou maladie ;
• droit à la formation professionnelle. Depuis le 1er janvier 2017, le compte personnel de formation (CPF) a remplacé le droit individuel à la formation (DIF) ;
• droit à la participation : les fonctionnaires participent par l'intermédiaire de leurs délégués siégeant dans les instances de dialogue social à l'organisation et au fonctionnement des services publics, à l'élaboration des règles statutaires, à la définition des orientations en matière de politique de ressources humaines et à l'examen de décisions individuelles. Ils participent également à la définition et à la gestion de l'action sociale, culturelle, sportive et de loisirs dont ils bénéficient ou qu'ils organisent ;
• droit à la protection de l’administration : lorsqu'un fonctionnaire est mis en cause pour des faits liés à l’exercice de ses fonctions (menaces, injures, violences, harcèlement, diffamations, etc.), l’administration doit prendre en charge sa protection (frais d’avocat, de procédure). Elle peut, le cas échéant, être tenue de réparer le préjudice subi par l’agent ;
• droit à la protection du "lanceur d’alerte" : l’agent qui relate ou témoigne, de bonne foi, aux autorités judiciaires ou administratives d’un délit, d’un crime, d'une situation de conflit d’intérêts ou lance une alerte éthique (violation grave d'une loi ou d'un engagement internationale, menace grave pour l'intérêt général, etc.) est protégé contre toute sanction ou discrimination (concernant sa rémunération, sa promotion, etc.). Il en est de même pour l'agent qui dénonce des agissements contraires au principe de non-discrimination, sexistes ou relevant d’un harcèlement moral ou sexuel.

En tant que citoyens, les fonctionnaires jouissent des libertés publiques, mais avec des limitations pour l’exercice de certaines d’entre elles :

• la liberté d’opinion se traduit concrètement par le principe de non discrimination entre les fonctionnaires en raison de leurs opinions politiques, syndicales, philosophiques, religieuses ou de leur orientation sexuelle. La liberté d'opinion doit cependant se concilier avec le respect du principe de laïcité et avec l’obligation de neutralité, qui interdit aux agents de manifester à l’égard des administrés leurs préférences politiques, religieuses ou philosophiques ;
• la liberté d’expression ne doit pas contrevenir à l’obligation de réserve des fonctionnaires, dont il est difficile de tracer les limites. Certains fonctionnaires sont soumis, par des dispositions particulières, à une obligation de réserve renforcée en raison de la nature de leurs missions ;
• le droit syndical, reconnu depuis 1946. Les fonctionnaires peuvent librement créer des syndicats, y adhérer et y exercer des mandats. Le fonctionnaire syndiqué bénéficie d’autorisations spéciales d’absence, de congés pour formation syndicale et de décharges d’activité de service ;
• le droit de grève : s’il a été reconnu lui aussi en 1946, certains fonctionnaires en sont privés (policiers, militaires, magistrats judiciaires, par exemple) ou voient son exercice limité (contrôleurs aériens, notamment) pour des raisons liées à la nature de leurs fonctions.