La Cour des comptes a quatre missions :
- juger les manquements graves à l'ordre public financier dans le cadre du régime unifié de responsabilité des gestionnaires publics ;
- contrôler le bon emploi et la bonne gestion des fonds publics, y compris dans les organismes non dotés de comptables publics. Chaque année, la Cour procède à des investigations au cours desquelles les conseillers enquêtent sur pièces et sur place. À l’issue de ces "enquêtes", la Cour des comptes établit un rapport, destiné au ministre concerné, qui pointe les éventuelles défaillances ou gaspillages constatés dans un service. Cette activité se concrétise aussi par la publication du rapport annuel de la Cour des comptes.
- certifier la régularité, la sincérité et la fidélité des comptes de l’État (depuis la loi organique relative aux lois de finances du 1er août 2001). Cette loi a été modifiée par la loi organique n° 2021-1836 du 28 décembre 2021 relative à la modernisation de la gestion des finances publiques, qui précise notamment le rôle de certification assuré par la Cour des comptes. La Cour est aussi chargée de la même mission notamment pour les comptes des organismes nationaux du régime général de la sécurité sociale. Depuis 2013, elle certifie chaque année les comptes des deux assemblées (Assemblée nationale et Sénat).
- assister le Parlement et le Gouvernement dans l'évaluation des politiques publiques.
Ces missions sont assurées par les personnels de la Cour, majoritairement des magistrats, nommés par décret.
Une fois par an, la Cour des comptes adresse au président de la République et présente au Parlement son rapport public annuel, ainsi que plusieurs rapports thématiques.
Ces rapports servent à présenter le bilan des travaux réalisés par la Cour pendant l'année passée et fait état de ses observations et recommandations. Il porte à la fois sur les organismes et entreprises directement contrôlés par elle et sur les collectivités territoriales.
Il peut donner lieu à un débat à l'Assemblée nationale et au Sénat.
