La grande majorité - environ 80% - des mesures européennes sont prises selon la procédure législative ordinaire (art. 294 TFUE) qui confère le même poids au Parlement européen et au Conseil de l'UE. Avant le traité de Lisbonne, on parlait de procédure de codécision.

Dans la procédure législative ordinaire :

• la Commission européenne a le monopole de l’initiative, elle seule peut présenter des propositions d’actes ;
• le Parlement, en tant colégislateur, amende et adopte la proposition législative et peut bloquer l’adoption d’un texte auquel il est opposé ;
• le Conseil vote les projets de texte à la majorité qualifiée. Dans une Union à 27 États membres, l’unanimité est difficile à atteindre et les risques de blocage sont importants. Aussi, dans un objectif d’amélioration du processus de prise de décision, le traité de Lisbonne a étendu le vote à la majorité qualifiée à un grand nombre de domaines.

Cette procédure s’applique désormais à presque toutes les politiques européennes, à l’exception de certaines mesures de la PAC et de la politique commerciale.

Les quelques domaines échappant à la procédure législative ordinaire sont régis par des procédures législatives spéciales.

Dans certains cas, le Conseil légifère seul. Le rôle du Parlement est alors limité :

• à la consultation : il donne un avis non contraignant (par exemple en matière fiscale) ;
• ou à l’approbation (avis conforme) : il approuve ou désapprouve le texte qui lui est soumis sans pouvoir le modifier par des amendements, par exemple pour la conclusion d’accords internationaux.

À l’inverse, le Parlement légifère seul (après avis ou approbation de la Commission et approbation du Conseil) dans trois domaines liés au statut des députés européens, au règlement intérieur du Parlement et au statut du médiateur européen.

La politique étrangère et de sécurité commune (PESC) reste un cas particulier. Dans ce domaine, le processus de décision reste largement intergouvernemental et le vote à l’unanimité est le mode quasi exclusif de décision. En pratique, les décisions sont prises par consensus et les votes sont exceptionnels.

C’est le Conseil européen, et donc les chefs d’État et de gouvernement, qui détermine les objectifs stratégiques de l’UE. Le droit d’initiative revient aux États membres et au Haut représentant pour les affaires étrangères et la politique de sécurité. Le Conseil vote dans la quasi-totalité des cas à l’unanimité. Le Parlement européen, quant à lui, est informé, parfois consulté, sur les choix fondamentaux.

Une clause passerelle, introduite par le traité de Lisbonne, prévoit que le Conseil européen peut décider à l’unanimité d’étendre à la PESC le champ de la majorité qualifiée.