Le traité de Lisbonne reconnaît la contribution des parlements nationaux "au bon fonctionnement de l’Union" (art. 12 du Traité sur l'Union européenne, TUE). C’est la première fois que ce rôle est mentionné dans le corps même d’un traité.
À cette fin, les parlements nationaux disposent d'un droit à l'information : ils sont désormais directement destinataires des documents d’information de la Commission (livres verts, livres blancs et communications), ainsi que des projets d’actes législatifs, des ordres du jour et des procès-verbaux du Conseil de l’Union. Ils étaient auparavant informés dans ces domaines par leur gouvernement national.
Les parlements se voient conférer le rôle de veiller au respect du principe de subsidiarité, au cœur de l'action de l'UE :
- un parlement national peut contester par avis motivé, dans un délai de huit semaines, une proposition de la Commission, s’il considère qu’elle ne respecte pas le principe de subsidiarité (contrôle préventif, art. 6 du Traité sur le fonctionnement de l'Union européenne, TFUE) ;
- les parlements nationaux sont informés en cas de volonté du Conseil de recourir à une clause de flexibilité, dont l'adoption permet de prendre des mesures en l'absence de moyen expressément conféré par les traités ;
- ils peuvent, dans un grand nombre de domaines, former un recours devant la CJUE pour violation du principe de subsidiarité par un acte législatif (contrôle a posteriori).
Le traité de Lisbonne confère un rôle aux parlements nationaux dans plusieurs procédures :
- ils sont informés des demandes d’adhésion à l’UE ;
- ils sont informés de l’élaboration des projets de révision des traités, et des représentants des parlements nationaux participent à la convention qui examine le projet de révision. En cas de recours à une "clause passerelle", les parlements nationaux disposent d'un délai de six mois pour s'y opposer, auquel cas la décision n'est pas adoptée ;
- en matière de politiques de l’espace de liberté, de sécurité et de justice, ils participent à leur évaluation, notamment pour les activités d’Eurojust (coopération pénale) et d'Europol (coopération policière). Les parlements sont tenus informés des travaux du comité permanent chargé de favoriser la coopération entre les États membres en matière de sécurité intérieure. Ils peuvent s'opposer aux propositions de mesures de coopération judiciaire en matière civile élaborées selon la procédure législative ordinaire, dans un délai de six mois.
Un protocole sur le rôle des parlements nationaux dans l’Union européenne, annexé aux traités, fixe les modalités de la coopération interparlementaire et des relations entre les parlements nationaux avec l’UE, afin d’encourager "une participation accrue des parlements nationaux aux activités de l'Union européenne" et de "renforcer leur capacité à exprimer leur point de vue".
Les parlements nationaux participent désormais de façon accrue à la coopération interparlementaire avec le Parlement européen. Les présidences de chaque parlement national et du Parlement européen se rencontrent chaque année et déterminent les grandes lignes de cette coopération. Les commissions du Parlement européen ou des parlements nationaux invitent leurs homologues à des débats sur certaines propositions de l'Union européenne.
Le protocole sur le rôle des parlements nationaux dans l’Union européenne du traité de Lisbonne reconnaît par ailleurs l’existence de la conférence des organes parlementaires spécialisés dans les affaires de l’Union (COSAC). Créée en 1989, elle réunit chaque semestre, à l’initiative du parlement du pays exerçant la présidence du Conseil de l’Union, des représentants des parlements nationaux des États membres de l'Union, des représentants du Parlement européen et des observateurs des parlements des pays candidats. Elle peut soumettre des “contributions” aux institutions de l’UE et promeut l’échange d'informations et de bonnes pratiques entre les parlements nationaux et le Parlement européen. Elle peut organiser des conférences interparlementaires sur des thèmes particuliers.