Le roi met progressivement en place des contrôles, qui seront considérablement élargis au XIXe siècle. Les premiers contrôlés sont les comptables, soumis au roi depuis Philippe le Bel et contrôlés ensuite par les chambres des comptes à partir de 1320.
Depuis Louis XI, l’état des dépenses est contrôlé par les chambres des comptes et, dans la même période, Jacques Cœur met en place la séparation des ordonnateurs et des comptables en matière fiscale. Ainsi celui qui donne l'ordre de prélever un impôt n'est pas celui qui va procéder à l'opération comptable, permettant d'éviter des conflits d'intérêts
Pour les recettes, l’éclatement des caisses empêche d’avoir une vision consolidée, c'est-à-dire une vision globale, et occasionne des pertes de revenus. Sous la Révolution, la Trésorerie, centralisée par Louis XVI, est rattachée à l’Assemblée. Sous l’Empire, le Trésor est séparé en deux avec la création du Trésor de l’armée.
En 1807, Napoléon crée la Cour des comptes, chargée de juger les comptes des comptables et de rendre un rapport annuel sur les dépenses. En revanche, il est plus difficile de contrôler les ordonnateurs des dépenses, faute de contrôle budgétaire et d’une limitativité des crédits. Louis XIV centralise alors l’ordonnancement des dépenses et en réserve le pouvoir à des agents spécialisés. Néanmoins, chaque ministère bénéficie de facilités jusqu'à la Restauration.
Le contrôle parlementaire naît au début du XIXe siècle et se développe avec l’assistance de la Cour des comptes. Parlement et ministère des finances ont les mêmes buts : prévoir les dépenses, faire respecter la disponibilité et la limiter les crédits, consolider les comptes.
En 1922, est créé le contrôle des dépenses engagées, devenu ensuite contrôle financier. Il s’agit d’un outil de contrôle préalable aux dépenses qui vise à s’assurer du non-dépassement des crédits budgétaires.
Depuis quelques années, notamment avec la loi organique du 1er août 2001 relative aux lois de finances (LOLF), le contrôle parlementaire s’est renforcé et a évolué vers l’évaluation de la bonne utilisation des crédits (logique de performance). Le Parlement devient ainsi un acteur incontournable du contrôle des comptes publics.
