Le contrôle politique prend la forme, au niveau de l’État, de la discussion et de l’adoption de la loi relative aux résultats de la gestion et portant approbation des comptes de l'année par le Parlement, qui vérifie si l’exécutif a bien respecté les enveloppes et les objectifs déterminés en lois de finances initiale et rectificative.
Au niveau local, l’organe délibérant (conseil municipal, départemental, régional) adopte chaque année le compte administratif tenu sous la responsabilité de l’ordonnateur, c’est-à-dire de l’exécutif local.
Les contrôles administratifs sont d’abord ceux que les comptables opèrent sur la régularité des opérations de dépenses et les pièces justificatives.
Les comptables sont aussi soumis au contrôle hiérarchique du ministre chargé des finances. Si les spécificités du statut des comptables justifient que ceux-ci ne soient pas tenus à un strict devoir d’obéissance vis-à-vis de leur hiérarchie, cela n’interdit pas d’avoir un droit de regard et de contrôle sur leurs actions. Ce contrôle hiérarchique se manifeste notamment par les inspections sur pièces et sur place auxquelles procède l’Inspection générale des finances. À l’issue de ses contrôles, celle-ci remet un rapport au ministre, à charge pour lui d’en tirer les conséquences qu’il juge utiles.
Les contrôles opérés par les juridictions financières sont, pour certains d’entre eux, de nature administrative. Ainsi, le contrôle de la gestion opéré par la Cour des comptes, au niveau étatique, et par les chambres régionales et les chambres territoriales des comptes (CRTC), au niveau local, consiste à évaluer l’effectivité, l’efficience et l’économie d’une politique publique. Le contrôle de la gestion, qui ne s’appuie jamais sur des considérations d’opportunité, ne débouche pas sur une décision juridictionnelle mais sur une lettre d’observation ou un rapport particulier, par exemple, qui seront rendus publics ou non, dans lesquels la juridiction expose ses conclusions.
Les juridictions financières opèrent un contrôle juridictionnel, dont l’issue est une décision de justice revêtue de l’autorité de chose jugée. Le juge financier ne juge pas directement le comptable, mais il sollicite ses écritures afin d’en juger l’exactitude et la régularité. Les arrêts de la Cour des comptes, pour les comptables de l’État, sont susceptibles d’appel devant le Conseil d’État. Les jugements des CRTC pour les comptables locaux peuvent être frappés d’appel devant la Cour des comptes et susceptibles de recours en cassation devant le Conseil d’État.
Des changements importants ont eu lieu. Un décret du 18 mai 2021 crée au sein de la Cour des comptes une septième chambre qui est compétente, sur réquisition du parquet général, pour traiter les affaires contentieuses. L’ordonnance du 23 mars 2022 supprime la compétence de jugement des chambres régionales des comptes (qui gardent toutefois leur nature juridictionnelle) et met en place une nouvelle cour d’appel financière.
