En 1320, l’ordonnance sur la Chambre des comptes, signée par le roi capétien Philippe le Long en 1319, crée la Chambre des comptes de Paris. Elle dispose : "Que ceux qui ont ou auront commission de recevoir argent soient tenus à rendre compte chacun an de ce qu’ils auront fait". Durant l’Ancien Régime, douze autres chambres sont établies dans les provinces du royaume.

En 1789, l’article 15 de la Déclaration des droits de l’homme et du citoyen énonce : "La Société a le droit de demander compte à tout Agent public de son administration." Le décret du 2 septembre 1790 supprime toutes les chambres des comptes du royaume, définitivement dissoutes par un décret des 17-29 septembre 1791. Ce décret confie à l’Assemblée législative la compétence d'apurer tous les comptes publics.

En 1807, par la loi du 16 septembre 1807 relative à l’organisation de la Cour des comptes, Napoléon crée la Cour des comptes, chargée de "fonctions de comptabilité nationale" (art. 1). Une juridiction unique pour l'ensemble du territoire est ainsi mise en place. Ses arrêts peuvent faire l’objet d’un recours en cassation devant le Conseil d’État (art. 17). En 1912, la Cour des comptes s’installe au palais Cambon. Le texte de l’article 15 de la Déclaration de 1789 est gravé sur le fronton de la principale pièce du palais, la Grand-Chambre.

• En 1948, la loi du 25 septembre 1948 institue la Cour de discipline budgétaire et financière (CDBF), dont les arrêts peuvent faire l’objet d’un recours en cassation devant le Conseil d’État (art. 8) ;
• en 1975, est créée la Cour des comptes européenne par le traité de Bruxelles, qui contrôle la gestion budgétaire de l’Union européenne. Elle peut à ce titre contrôler toute autorité nationale maniant des fonds européens ;
• en 1982, la loi de décentralisation du 2 mars 1982 créée des chambres régionales et territoriales des comptes (CRCT), chargées du contrôle des collectivités territoriales en premier ressort. Cette réforme intervient concomitamment à la suppression de la tutelle financière exercée jusque-là par les préfets sur les collectivités territoriales ;
• en 1995, le code des juridictions financières, publié par la loi n° 94-1040 du 2 décembre 1994, entre en vigueur. Il régit l'ensemble constitué par la Cour des comptes et les chambres régionales des comptes ;
• en 2001, le Conseil constitutionnel reconnaît l’indépendance de la Cour des comptes. Les missions de la Cour des comptes sont inscrites dans la Constitution (art. 47-2) lors de la révision constitutionnelle du 23 juillet 2008 ;
• le 17 décembre 2012, la loi organique relative à la programmation et à la gouvernance des finances publiques crée le Haut Conseil des finances publiques, chargé d’apprécier le réalisme des projections économiques du Gouvernement. Il ne s'agit pas d'une juridiction mais d'un organisme indépendant placé auprès de la Cour des comptes ; 
• L'ordonnance du 23 mars 2022 relative au régime de responsabilité financière des gestionnaires publics et un décret du 22 décembre 2022 apportent plusieurs modifications importantes. Entre autres, le schéma contentieux de la responsabilité financière des gestionnaires publics est unifié grâce à la mise en place d'une 7e chambre : la chambre du contentieux, compétente en première instance pour la répression des fautes commises par les gestionnaires publics. Une cour d'appel financière est instituée pour connaître en appel des décisions rendues par la chambre du contentieux. Avec cette unification, la CDBF est supprimée et les missions juridictionnelles des CRCT à l'égard des comptables sont transférées à la chambre du contentieux.