Les contrôles sont réalisés par les magistrats nommés par décret du président de la République. Il existe plusieurs grades parmi ces magistrats financiers :
- les auditeurs ;
- les conseillers référendaires (après trois ans dans le grade d’auditeur) ;
- les conseillers maîtres (après douze ans dans le grade de conseiller référendaire).
La Cour des comptes comprend sept chambres. Chaque chambre est composée d’un président de chambre, de conseillers maîtres, de conseillers référendaires et d’auditeurs. Le premier président de la Cour peut diviser les chambres en sections. Les comptes des organismes soumis au contrôle de la Cour sont jugés par la chambre compétente :
- 1re chambre : compétences économiques et financières de l’État, financement de l’économie et institutions financières publiques, finances publiques et comptes de l’État, industrie, commerce et services, télécommunications ;
- 2e chambre : énergie, transports, environnement, agriculture et mer ;
- 3e chambre : éducation, jeunesse et sports, enseignement supérieur, recherche, culture et communication ;
- 4e chambre : défense, sécurité intérieure, justice, affaires étrangères, pouvoirs publics constitutionnels et renseignements, services du Premier ministre, administration déconcentrée et finances publiques locales ;
- 5e chambre : travail et emploi, ville et logement, cohésion des territoires, immigration et intégration, cohésion sociale et solidarité et générosité publique ;
- 6e chambre : santé, sécurité sociale et secteur médico-social ;
- 7e chambre : contrôles juridictionnels et contentieux.
