Projet de décret relatif aux modalités de mise en œuvre différée des mesures de compensation des atteintes à la biodiversité

L’article 42 de la loi n° 2026-403 du 26 mai 2026 de simplification de la vie économique a modifié l’article L. 163-1 du code de l’environnement afin de préciser les conditions dans lesquelles la mise en œuvre des mesures de compensation des atteintes à la biodiversité peut être différée. Le principe demeure que les mesures de compensation doivent permettre d’éviter toute perte nette de biodiversité pendant la durée des atteintes. Toutefois, lorsque la complexité ou les délais nécessaires à leur mise en œuvre ne le permettent pas, la loi prévoit la possibilité de compenser les éventuelles pertes nettes intermédiaires dans un délai raisonnable, pertinent d’un point de vue écologique et fixé dans l’arrêté d’autorisation environnementale du projet. Le présent projet de décret en Conseil d’État précise les modalités d’application de cette disposition, notamment les conditions de recours à la mise en œuvre différée, les éléments à fournir à l’appui de la demande et les modalités d’encadrement et de suivi des mesures de compensation.

1. Le contexte

L’article 42 de la loi n° 2026-403 du 26 mai 2026 de simplification de la vie économique a modifié l’article L. 163-1 du code de l’environnement afin de préciser les conditions dans lesquelles la mise en œuvre des mesures de compensation des atteintes à la biodiversité peut être différée.
Le principe demeure que les mesures de compensation doivent permettre d’éviter toute perte nette de biodiversité pendant la durée des atteintes. Toutefois, lorsque la complexité ou les délais nécessaires à leur mise en œuvre ne le permettent pas, la loi prévoit la possibilité de compenser les éventuelles pertes nettes intermédiaires dans un délai raisonnable, pertinent d’un point de vue écologique et fixé dans l’arrêté d’autorisation environnementale du projet.
Le présent projet de décret en Conseil d’État précise les modalités d’application de cette disposition, notamment les conditions de recours à la mise en œuvre différée, les éléments à fournir à l’appui de la demande et les modalités d’encadrement et de suivi des mesures de compensation.

2. Le cadre législatif

L’article 42 de la loi du 26 mai 2026 a modifié le second alinéa du I de l’article L. 163-1 du code de l’environnement, désormais rédigé comme suit :
"Elles visent à éviter les pertes nettes de biodiversité pendant toute la durée des atteintes ou, à défaut, lorsque la complexité ou les délais nécessaires à leur mise en œuvre ne le permettent pas, à compenser les éventuelles pertes nettes intermédiaires dans un délai raisonnable, pertinent d’un point de vue écologique et indiqué dans l’arrêté d’autorisation environnementale du projet, en visant, à l’expiration de ce délai le cas échéant, une absence de perte nette, voire un gain de biodiversité."
Le II du même article renvoie à un décret en Conseil d’État le soin de déterminer les modalités d’application de l’article L. 163-1 du code de l’environnement.
Le projet de décret vise ainsi à préciser les conditions dans lesquelles l’autorité administrative peut encadrer la mise en œuvre différée des mesures de compensation, en tenant compte des contraintes rencontrées par le maître d’ouvrage et des exigences de préservation de la biodiversité.

3. Les objectifs

Le projet de décret vise à encadrer les situations dans lesquelles les mesures de compensation ne peuvent être mises en œuvre avant le début des atteintes à la biodiversité, en raison de contraintes techniques, foncières ou écologiques.
Il poursuit trois objectifs principaux :
• Préciser les conditions de recours à la mise en œuvre différée : le dispositif doit permettre à l’autorité administrative d’apprécier les contraintes invoquées par le maître d’ouvrage, notamment celles liées à la maîtrise foncière, à la réalisation d’actes juridiques ou aux cycles biologiques des espèces et des habitats concernés.
• Encadrer les modalités d’autorisation et de suivi : le projet de décret précise les éléments permettant de justifier le délai sollicité, ainsi que les conditions dans lesquelles ce délai est fixé et suivi par l’autorité administrative.
• Prendre en compte les pertes nettes intermédiaires de biodiversité : lorsque le décalage entre les atteintes et la mise en œuvre effective des mesures de compensation est susceptible d’entraîner des pertes nettes intermédiaires, celles-ci doivent être prises en compte afin de viser, à l’expiration du délai fixé, une absence de perte nette, voire un gain de biodiversité.

4. Les garanties écologiques

La possibilité de différer la mise en œuvre des mesures de compensation ne remet pas en cause les exigences applicables à la séquence "éviter, réduire, compenser" ni l’objectif de compensation des atteintes résiduelles à la biodiversité.
Le dispositif repose notamment sur les garanties suivantes :
• Le maintien de la priorité accordée à l’évitement et à la réduction des atteintes : conformément à l’article L. 110-1 du code de l’environnement, les atteintes doivent être évitées et réduites en priorité. La compensation intervient pour les atteintes qui n’ont pu être évitées ou suffisamment réduites.
• Maintien de l’obligation de résultat : le Conseil constitutionnel et le droit européen (directives Habitats et Oiseaux) garantissent que l’objectif final d’absence de perte nette, voire de gain de biodiversité, reste impératif à l’expiration du délai accordé.

5. Les principales dispositions du projet de décret (Projet d’article R. 163-15)

Le projet de décret prévoit d’insérer un article R. 163-15 dans le code de l’environnement afin de préciser les modalités de mise en œuvre différée des mesures de compensation. Il s’organise autour de trois volets.

-  L’appréciation de la faisabilité écologique du délai (I) :
Le texte précise les critères objectifs guidant l’autorité administrative pour apprécier le caractère raisonnable du calendrier sollicité. Il prend en compte les caractéristiques des atteintes, la résilience des espèces et des habitats, ainsi que les contraintes techniques du génie écologique. Il garantit la sécurisation foncière en couvrant la finalisation des actes ou l’acquisition d’unités de compensation (UCRR) sur des emprises préalablement identifiées, tout en excluant formellement toute phase de prospection foncière postérieure à l’autorisation. 
-  L’encadrement de l’instruction, de l’arrêté et du suivi (II) :
Le dossier de demande doit permettre à l’autorité administrative d’apprécier les motifs justifiant le report, le calendrier proposé et les éventuelles pertes nettes intermédiaires de biodiversité.
L’arrêté d’autorisation fixe le délai accordé et les obligations applicables au maître d’ouvrage, notamment les échéances et, le cas échéant, les étapes intermédiaires nécessaires au suivi de la mise en œuvre des mesures de compensation.
Le projet de décret prévoit également des modalités de suivi permettant à l’autorité administrative de vérifier la réalisation des mesures prescrites et le respect des obligations fixées dans l’autorisation. 
-  Le champ d’application matériel (III) :
Le projet de décret précise les décisions administratives auxquelles s’appliquent ces modalités de mise en œuvre différée. Il vise notamment les autorisations environnementales mentionnées à l’article L. 181-1 du code de l’environnement ainsi qu’à toute décision administrative autorisant un projet et lui prescrivant des obligations de compensation (dérogations espèces protégées, défrichement, etc.).