Le Centre d'études de l'emploi et du travail (CEET) qui est un programme transversal du Conservatoire national des arts et métiers (CNAM) a publié, le 14 janvier 2026, une étude sur les effets du jour de carence sur les absences pour maladie des agents publics territoriaux en 2018 et 2019.
L’analyse porte sur les collectivités de 500 agents ou plus.
Des effets variables selon le type d'arrêt et le profil des agents
D'après le CEET, la réforme a eu un impact sur la fréquence, le nombre et la durée des congés de maladie :
- la probabilité qu’un agent prenne au moins un congé de maladie au cours d’un trimestre a diminué d’environ 11% ;
- le nombre total de jours de congé de maladie a reculé d’environ 13% ;
- le nombre d’épisodes de congé de maladie a baissé d'environ 11%.
La réduction du nombre de jours de congé de maladie est essentiellement due à la baisse des arrêts maladie de courte durée (2 à 3 jours). La mesure n'a quasiment pas affecté les arrêts de plus de 15 jours.
Les résultats de l'étude montrent que l'impact du jour de carence est différent en fonction du profil des agents, l’effet étant plus marqué chez les agents :
- les plus jeunes ;
- relevant de la catégorie C ;
- plus faiblement rémunérés.
L'effet est plus limité, voire nul, chez les catégories A et B.
"Ces résultats traduisent un effet fortement inégalitaire : les agents aux revenus les plus faibles sont les plus sensibles à la retenue du premier jour d’arrêt, car le coût relatif du jour non rémunéré est proportionnellement plus élevé pour eux".
Une mesure centrée sur le coût direct des absences
D'après la publication, l’application du jour de carence dans la fonction publique territoriale se traduit par une économie budgétaire estimée à plus de 86 millions euros par an, sur l’ensemble des agents territoriaux. Ce montant représente près de 4,5% du coût total annuel des congés de maladie (hors congé de longue maladie, congé de longue durée ou congé de grave maladie), évalué à 1,8 milliard d'euros sur la période 2018-2019.
La réforme a entraîné en moyenne une baisse de 0,312 jour de congé de maladie par trimestre, soit 1,25 jour par an et environ 75 euros d’économie par agent chaque année.
Si la réforme a eu des effets comptables directs et immédiats, le fait de ne pas s’arrêter pour éviter une perte de rémunération peut impliquer des effets indirects ou de plus long terme sur la santé entraînant d’autres formes d’absence (longue maladie, accidents du travail, maladies professionnelles).
