En France, la fonction publique s’organise selon le système de la carrière. Le fonctionnaire entre dans un corps (ou un cadre d’emploi pour la fonction publique territoriale), c’est-à-dire un ensemble de fonctionnaires soumis au même statut particulier, divisé en grades, dans lequel il progresse et fait carrière. Les corps sont gérés au niveau national, alors que les cadres d’emploi s’effectuent au niveau de chaque collectivité (commune, département, région).
Dans la fonction publique d'État, la personne admise à un concours est affectée à un des emplois correspondant au niveau du corps (grade) dans lequel il se trouve. Au contraire, dans la fonction publique territoriale, une fois inscrit sur une liste d'aptitude, l'agent doit postuler à un emploi (comme dans le secteur privé). Une fois recruté, il devient fonctionnaire stagiaire.
Le fonctionnaire peut progresser par avancement d’échelon ou par avancement de grade (à l’ancienneté et par examen professionnel). Il peut néanmoins changer d’emploi sans subir de conséquence sur le déroulement de sa carrière.
Ce système garantit davantage la stabilité de l’emploi et protège l’administration des aléas du jeu politique, à la différence du système de l’emploi. La France n’est pas le seul État où la fonction publique est organisée de cette façon. C’est le cas de la majorité des pays d’Europe occidentale, notamment de la Grande-Bretagne qui se distingue toutefois de la France par une étanchéité beaucoup plus grande entre monde politique et fonction publique (un fonctionnaire voulant se présenter à une élection doit démissionner).
Il existe un autre mode d’organisation possible pour la fonction publique : le système de l’emploi, également appelé système des dépouilles ou spoil system. Le fonctionnaire est alors affecté à un des emplois du service public et n’a pas nécessairement vocation à faire carrière au sein de la fonction publique. Il est donc recruté pour un emploi détérminé. Dans ce système, la fonction publique ressemble à un ensemble de métiers comparables au secteur privé. La situation du fonctionnaire reste stable dans le temps, contrairement au système de carrière. Le recrutement se fait en fonction des compétences, par une nomination directe ou un concours sur titre. Il est lié à son administration par un contrat de droit public ou de droit privé. Le recours aux agents contractuels de droit public dans le système de la carrière se rapproche du système de l'emploi.
Dans cette organisation, un nouveau gouvernement doit pouvoir compter sur la loyauté partisane des fonctionnaires, et donc remplacer ceux qui sont en place par des "fidèles".
