Le contrôle sur l'activité des autorités administratives indépendantes (AAI) et des autorités publiques indépendantes (API) s'effectue selon diverses modalités :
- tous les ans, avant le 1er juin, chaque AAI et API doit adresser au Gouvernement et au Parlement un rapport d’activité (document qui rend compte de l’exercice de ses missions, moyens, actions, recommandations...). Ce rapport est ensuite rendu public ;
- les autorités sont amenées à rendre des comptes aux commissions permanentes compétentes de l’Assemblée nationale et du Sénat ;
- le Gouvernement doit présenter, en annexe générale au projet de loi de finances (PLF) de l’année, un rapport sur la gestion de ces autorités (dépenses et recettes, nombre d'emplois rémunérés par elles ou mis à disposition par des tiers, par exemple). Ce rapport comporte une présentation stratégique avec la définition d’objectifs et d’indicateurs de performance. Il est transmis aux assemblées parlementaires au moins cinq jours avant l’examen du PLF.
Dans certaines AAI ou API, c'est le président de la République qui a le pouvoir de nomination. Les dirigeants sont ainsi nommés après que chacune des deux assemblées se soit prononcée par un avis de la commission permanente.
La liste des autorités concernées par cette procédure a été complétée par la loi du 20 janvier 2017 en y ajoutant, notamment, la Commission nationale de l’informatique et des libertés (CNIL) et la Commission nationale des comptes de campagne et des financements politiques (CNCCFP).
