Parmi les différentes autorités administratives indépendantes (AAI) et autorités publiques indépendantes (API), certaines exercent un contrôle sur l'administration (ce n'est pas le cas de toutes). Elles jouissent d'une liberté dans leurs missions de contrôle, garantie par leur indépendance vis-à-vis de l'administration et du pouvoir politique.

Parmi les autorités exerçant un contrôle sur l'administration, on peut citer : 

• le Défenseur des droits qui peut mettre en cause une administration n'ayant pas respecté les droits des usagers des services publics (accès au service public non assuré, discrimination...) ; 
• la Commission d'accès aux documents administratifs (CADA) qui veille à la liberté d'accès aux documents administratifs et aux archives publiques ainsi qu'à la réutilisation des informations publiques ;  
• l'Autorité de régulation de la communication audiovisuelle et numérique (Arcom) qui contrôle les contenus, notamment publics, diffusés à la télévision et sur internet (réseaux sociaux et moteurs de recherche notamment) et veille, entre autres, au financement de la création audiovisuelle, à la protection des droits et au pluralisme politique sur les antennes ; 
• la Commission nationale de l'informatique et des libertés (CNIL) qui s'assure du respect des règles de protection des données par les organismes publics, ainsi que du traitement par l'administration des demandes de vérification sur un fichier de police ou de renseignement ;
• le Contrôleur général des lieux de privation de liberté (CGLPL) qui peut visiter tous les lieux où des personnes sont privées de libertés (établissements pénitentiaires, établissements de santé...) ; 
• la Commission nationale du débat public (CNDP) garante du droit à l'information et à la participation du public sur l'élaboration des projets et des politiques publiques ayant un impact sur l'environnement ; 
• la Commission du secret de la défense nationale (CSDF) qui émet un avis lorsqu'une juridiction demande à un ministre la déclassification et la communication d'informations protégées par le Secret de la Défense nationale.

Les AAI et API sont dotées de pouvoirs de degré différent afin d'assurer leur mission de régulation du secteur relevant de leur compétence. Ces moyens de contrôle varient d'une autorité à l'autre et dépendent du secteur dans lequel elles sont spécialisées. Lorsque leur activité le justifie, la loi leur permet :

• d'émettre des avis ou recommandations, comme la CNIL et le Défenseur des droits ;
• de prendre des décisions, comme l'Arcom qui peut décider de suspendre ou interdire certaines chaînes ;
• d'imposer de nouvelles règles applicables dans leur secteur d'intervention, comme la CNIL qui publie des lignes directrices ;
• de contrôler et enquêter : réalisation de documents, auditions, enquêtes, comme le CGLPL ou le Défenseur des droits ;
• de sanctionner, comme la CNIL, qui peut prononcer des sanctions à l'égard des responsables de traitement et des sous-traitant ;
• de mener des actions en justice, y compris à l'égard de l'administration.

Au-delà de ces formes de contrôle, les AAI et API rédigent chaque année un rapport d’activité. Ce dernier a avant tout pour fonction d’alerter l’opinion publique sur certains problèmes rencontrés dans leur activité quotidienne. Ainsi, la CNIL a pu insister sur les risques potentiels pour les libertés liés au développement de traitements automatisés de plus en plus performants.