Les principaux obstacles à la transposition des normes européennes dans le droit national sont les suivants :
- la multiplicité des textes (règlements, directives, décisions, livres verts ou livres blancs de la Commission européenne) ;
- les désaccords politiques, lorsque les dirigeants nationaux ne sont pas favorables à la norme adoptée par l'Union européenne. Ces derniers peuvent, de façon plus ou moins affichée, tarder à mettre en œuvre les textes, notamment lorsque ces derniers contreviennent à leur propre agenda politique. Cela a été le cas, par exemple, de la "directive Oiseaux" de 1979, que la France a essayé à plusieurs reprises de concilier avec ses textes nationaux sur la chasse ;
- parfois, les administrations elles-mêmes ont des réticences à prendre en charge la transposition des directives de l’Union. Il s’agit en effet d’un travail extrêmement long, parfois fastidieux.
La difficulté de transposer le droit européen provient aussi de l'intervention de multiples acteurs (gouvernement, administration centrale, services déconcentrés, collectivités territoriales). La transposition d'une norme européenne dans le droit national nécessite donc une excellente coordination à tous les échelons.
Au milieu des années 2000, la France a largement réduit son déficit de transposition. Plusieurs solutions ont été mises en œuvre par une circulaire du 27 septembre 2004 :
- amélioration de la formation des fonctionnaires aux questions européennes ;
- désignation dans chaque ministère d’un référent chargé de l’application du droit de l’Union. Il recense tous les textes européens en attente, ce qui permet d’informer plus rapidement le pouvoir exécutif d’un retard dans leur mise en œuvre ;
- recours aux ordonnances (délégation du pouvoir législatif au Gouvernement pour un objet et un délai déterminés), qui permet d'améliorer les délais de transposition.
Ainsi, le nombre de procédures d’infraction engagées par la Commission européenne devant la Cour de justice de l'Union européenne (CJUE) contre la France a sensiblement diminué à cette date. Le déficit de transposition est passé de 4,1% en 2004 à 0,1% en 2024.
Afin de poursuivre cet effort, une circulaire du 22 mars 2024 s'est substituée à celle de 2004, édictant des mesures actualisées. Elle formalise, entre autres, la création d'un comité de liaison entre le gouvernement et le Parlement pour mettre en œuvre le droit de l'UE.
