Le contrôle hiérarchique découle du principe hiérarchique : un subordonné doit obéir à son supérieur, sauf en cas d’illégalité manifeste de l’ordre donné qui porterait une grave atteinte à un intérêt public.

Ce contrôle peut être déclenché par le supérieur hiérarchique lui-même ou par un administré souhaitant contester une décision administrative et qui aura exercé un recours hiérarchique. Dans ce cadre, le supérieur dispose de trois pouvoirs :

• annuler la décision de son subordonné ;
• lui ordonner de prendre une décision dans un sens déterminé ;
• modifier lui-même tout ou une partie de la décision.

Les corps d’inspection sont chargés, pour le compte d’un ministre, de contrôler le bon fonctionnement des services d’un ministère. Il en existe une vingtaine dont l'Inspection générale des affaires sociales (IGAS) ou l’Inspection générale des finances.

Généralement constitués de hauts fonctionnaires, ces corps font l’objet de critiques. D'une part, les reproches portent sur leur tendance à délaisser le contrôle pur des services pour lui préférer le rôle de conseil. D'autres estiment difficile d’attendre un contrôle impartial de la part d’un organe interne à l’administration. 

Le contrôle financier vise à garantir le respect du principe de séparation des ordonnateurs et des comptables et à avoir une vision globale des processus de la dépense et de la situation patrimoniale de chaque ministère.

Dans les services centraux de l’administration d’État, la fonction de contrôle budgétaire est effectuée par les contrôleurs budgétaires et comptables ministériels, placés auprès des principaux ordonnateurs de l’État. Au niveau des collectivités territoriales, c'est le directeur interrégional, régional ou départemental des finances publiques qui assure cette fonction.