Les préfets dirigent les services déconcentrés :

• le préfet de région, qui est le préfet du département où se trouve le chef-lieu de la région, représente l’État à l’échelon régional ;
• le préfet de département agit à l’échelon départemental ;
• le sous-préfet représente l'État à l'échelle de l’arrondissement.

Depuis un décret du 16 février 2010, le préfet de région a autorité sur les préfets de département pour la mise en œuvre des politiques publiques (en dehors des questions relatives au maintien de l’ordre public et au droit des étrangers).

Pour certains services particuliers, il existe une direction propre rattachée au ministère concerné. Les services déconcentrés du ministère de la Défense, par exemple, sont dirigés par des préfets de zones de défense, ceux de l’Éducation nationale (académies) par les recteurs.

Les préfets et sous-préfets sont sous l’autorité directe du ministre de l'intérieur et sont les représentants personnels de chacun des ministres. Ils sont nommés par décret du président de la République et sont astreints à une stricte loyauté à l’égard du gouvernement.

En tant que représentants du gouvernement, ils doivent mettre en œuvre ses décisions. Ils dirigent également de nombreuses réunions destinées à organiser des actions interministérielles nécessitant la participation de plusieurs services déconcentrés, en période normale (les politiques de sécurité, par exemple) ou en période exceptionnelle (crise du Covid, par exemple).

Néanmoins, cette position hiérarchique des préfets est contestée. Les moyens de communication modernes permettent aux services déconcentrés de prendre l’avis de leur administration centrale plutôt que d’attendre les directives du préfet.