La direction des établissements publics de santé est assurée par :
- le conseil de surveillance est l’instance décisionnelle. le conseil se prononce sur la stratégie de l'établissement et exerce un contrôle permanent de sa gestion. Il est doté de trois collèges, composés de représentants élus des collectivités territoriales, de représentants des personnels, de personnes qualifiées et de représentants des usagers ;
- le directeur conduit la politique générale de l'établissement. Il en est le représentant légal. Le directeur a autorité sur le personnel (pour les professions de santé, il exerce son autorité dans le respect des règles déontologiques de ces professions). Il ordonne les dépenses et les recettes et est responsable du bon fonctionnement des services. La procédure de nomination du directeur diffère selon le type d'établissement ;
- le directoire, présidé par le directeur, approuve le projet médical, prépare le projet d’établissement et conseille le directeur dans la gestion et la conduite de l’hôpital. La plupart de ses membres sont des personnels de santé de l’établissement, qui peuvent ainsi influer sur la vie institutionnelle de celui-ci.
Il existe quatre principaux types d'organe consultatif au sein des hôpitaux :
- la commission médicale d'établissement (CME), organe consultatif le plus important de l'hôpital qui participe à la vie et au fonctionnement de celui-ci. Les représentants élus des personnels médicaux siègent au sein de la commission dont la composition varie selon la taille et la nature de l’établissement (notamment s’il s’agit d’un centre hospitalier universitaire - CHU). La commission élabore et propose au directoire le projet médical d'établissement ;
- la commission des soins infirmiers, de rééducation et médicotechniques (CSIRMT) représente les personnels paramédicaux. Elle intervient dans le projet de soins infirmiers et l'organisation générale des soins ;
- le comité de lutte contre les infections nosocomiales (CLIN) organise la lutte et la prévention du risque infectieux lors des soins ;
- le comité social et économique (CSE), instance unique de dialogue social au sein de la fonction publique hospitalière.
