La Cour des comptes "assiste le Parlement dans le contrôle de l’action du Gouvernement. Elle assiste le Parlement et le Gouvernement dans le contrôle de l’exécution des lois de finances et de l’application des lois de financement de la sécurité sociale ainsi que dans l’évaluation des politiques publiques. Par ses rapports publics, elle contribue à l’information des citoyens" (art. 47-2 de la Constitution).

La fonction initiale de la Cour était jusqu'en 2022 d’exercer un contrôle juridictionnel des comptes des comptables publics. Elle jugeait les comptes des comptables publics et vérifiait la régularité des recettes et des dépenses décrites dans les comptabilités publiques (art. L111-1 et art. L111-3 du code des juridictions financières).

L'ordonnance du 23 mars 2022 met en place un régime juridictionnel unifié de responsabilité des gestionnaires publics, qu'ils exercent des fonctions d'ordonnateur ou de comptable. L'article L111-1 du code des juridictions financières dispose, dans sa version en vigueur depuis le 1^er janvier 2023, que la Cour des comptes juge les gestionnaires publics en premier ressort et non plus les comptes des comptables publics.

Ce nouveau régime a plusieurs conséquences :

• sur les juridictions financières et la Cour des comptes en particulier :
  • la création d'une 7^e chambre de la Cour des comptes, la chambre du contentieux, devant laquelle sont justiciables tous les gestionnaires publics. Elle comprend des membres de la Cour des comptes et des magistrats des chambres régionales et territoriales des comptes ;
  • la création d'une Cour d’appel financière, qui siège à la Cour des comptes. Elle est présidée par le Premier président de la Cour des comptes et composée de quatre conseillers d’État, de quatre conseillers maîtres à la Cour des comptes et de deux personnalités qualifiées ;
  • la suppression de la Cour de discipline budgétaire et financière (CDBF). Les cours régionales des comptes perdent leur compétence juridictionnelle ;
• sur la responsabilité des gestionnaires publics :
  • la responsabilité personnelle et pécuniaire des comptables publics est abrogée et conséquemment la notion de débet disparaît. Jusqu'en 2022, la Cour des comptes analysait les comptes et les pièces justificatives présentées et examinait l’équilibre des comptes. Si les comptes étaient réguliers, la Cour prononçait un arrêt de décharge à l’égard du comptable public. Elle le mettait en débet si des recettes avaient été perdues ou si des dépenses avaient été irrégulièrement effectuées ;
  • la responsabilité financière des gestionnaires publics est engagée en cas d'infractions aux règles relatives à l'exécution des recettes et des dépenses ou à la gestion des biens de l'État, des collectivités, établissements et organismes soumis au contrôle des juridictions financières, constitutives d'une faute grave ayant causé un préjudice financier significatif.

La Cour exerce en outre un contrôle administratif de la gestion des organismes publics et parapublics. D'après l’article L111-2 du code des juridictions financières, elle "s’assure du bon emploi des crédits, fonds et valeurs gérés par les services et organismes relevant de sa compétence". Ainsi, elle ne juge pas les ordonnateurs en tant que tels, mais vérifie le bon emploi des fonds publics, lors du jugement des comptes des comptables de l’État et des établissements publics ou, directement, en examinant la gestion des ordonnateurs. Le contrôle de la gestion n’est pas juridictionnel – son issue n’est donc pas une décision revêtue de l’autorité de chose jugée.

Depuis 1976, la Cour des comptes exprime son avis sur la régularité et la sincérité des comptes des entreprises publiques et propose, si nécessaire, des améliorations. Elle porte également une appréciation sur la qualité de la gestion de ces entreprises.

Depuis 1950, la Cour des comptes a reçu compétence pour contrôler les organismes de sécurité sociale, qui sont essentiellement des personnes morales de droit privé mais dont les ressources ressortissent de cotisations à caractère obligatoire.

Également, la Cour des comptes est compétente pour vérifier l’emploi des aides publiques, qu’il s’agisse de subventions ou de taxes parafiscales. Depuis 1991, cette compétence est étendue aux organismes faisant appel à la générosité publique.

Enfin, à côté de ces activités de contrôle, la loi organique sur les lois de finances (LOLF, art. 58) a donné à la Cour une mission de certification des comptes de l’État, relevant essentiellement d’une logique d’audit externe. Il ne s’agit pas de dire si les comptes sont exacts, mais s’ils sont tenus à l’aide d’outils et de procédures fiables et transparentes. Le rapport de certification est annexé au projet de loi de règlement.

La Cour rend également chaque année, depuis 2006, un rapport de certification des comptes du régime général de la sécurité sociale, en vertu de l'article LO132-2-1 du code des juridictions financières.

Depuis 2013, la Cour des comptes certifie les comptes de l'Assemblée nationale et du Sénat.