Depuis 1982, le préfet a essentiellement conservé, vis-à-vis des collectivités, le pouvoir de saisir la juridiction administrative dès lors qu’il détecte une illégalité. C'est le déféré préfectoral.

Le code général des collectivités territoriales précise que le préfet défère au tribunal administratif les actes qu’il estime illégaux dans les deux mois suivant leur transmission à ses services. Parmi ces actes figurent les délibérations des conseils municipaux, départementaux et régionaux, et donc les budgets des collectivités.

Les déférés préfectoraux peuvent être assortis d’une demande de sursis à exécution (référé-suspension).

Si le préfet choisit de ne pas saisir le tribunal administratif alors que des illégalités sont facilement décelables, la responsabilité de l’État peut être engagée et le préfet reconnu responsable de faute.

Il se définit comme le recours par lequel on demande au juge l’annulation d’un acte en raison de l’illégalité dont il serait entaché. Tout administré, qui a un intérêt à agir, peut saisir le tribunal administratif directement pour faire annuler une décision prise par une collectivité qui lui paraît illégale.

Ainsi, les lois des 29 janvier 1993 et 8 février 1995 permettent l’admission par le juge administratif des recours présentés par les contribuables locaux. Le Conseil d’État avait, pour sa part, admis dès son arrêt Casanova de 1901 que la qualité de contribuable communal donnait qualité à agir contre les actes administratifs unilatéraux municipaux.