L’application du budget est gouvernée par un principe fondamental : la séparation des ordonnateurs et des comptables.

L’ordonnateur, qui est l’exécutif des collectivités (maire, président du conseil départemental ou régional), donne l’ordre d’engager les dépenses et de recouvrer les recettes, mais ne peut pas manipuler les fonds publics.

Le comptable public est chargé d’exécuter les dépenses et les recettes selon les indications de l’ordonnateur, mais il ne lui est pas subordonné. C’est un fonctionnaire de l’État dépendant de la Direction générale des finances publiques. 

Pour les dépenses, il y a quatre opérations, trois relevant de l’ordonnateur (phase administrative) et une du comptable (phase comptable) :

• l’engagement : décision par laquelle l’ordonnateur décide d’effectuer une dépense. Elle se traduit par l’affectation des crédits nécessaires au règlement de la dépense ;
• la liquidation : il s’agit de vérifier la réalité de la dette de la collectivité et de fixer le montant de la dépense ;
• l’ordonnancement : c’est le mandat de paiement par lequel l’ordonnateur donne l’ordre au comptable de payer ;
• le paiement par le comptable : il procède d’abord à certaines vérifications, portant sur la régularité des opérations précédentes, et ensuite au paiement de la dépense.

Pour les recettes, se succèdent également phases administrative et comptable :

• l’émission d’un ordre de recettes (phase administrative) : la collectivité constate qu’un administré doit s’acquitter d’une somme correspondant à un service qui lui a été rendu (par exemple, repas pris dans une cantine scolaire...) ;
• le contrôle, notamment de l’existence de l’autorisation de percevoir la recette, et son recouvrement, c’est-à-dire son encaissement par le comptable public, constituent la phase comptable.