Depuis le traité de Lisbonne, le président de la Commission européenne est élu pour 5 ans par le Parlement européen, sur proposition du Conseil européen. Ce dernier désigne son candidat à la majorité qualifiée "en tenant compte du résultat aux élections au Parlement européen" (article 17 du Traité sur l'Union européenne, TUE). Dans les faits, cela signifie que le président doit être d’une couleur politique conforme à celle de la majorité au Parlement. Si ce candidat n’est pas approuvé par le Parlement, le Conseil européen en propose un nouveau dans un délai d’un mois, et selon la même procédure.
Pour les élections européennes de 2014, chaque groupe politique du Parlement a désigné une tête de liste ayant vocation, en cas de victoire de leur parti, à devenir président de la Commission (système dit du Spitzenkandidat - chef de file). Malgré leur réticence face à une évolution qui les dépossède de leur choix, les chefs d’État et de gouvernement ont finalement accepté de se plier à ce nouveau mode de désignation. C'est le candidat du Parti populaire européen (PPE), arrivé en tête des élections, Jean-Claude Juncker, qui a été élu président de la Commission.
Pour les élections de mai 2019, le système du Sptitzenkandidat a été de nouveau mis en œuvre au Parlement. Mais le Conseil européen a finalement soutenu la candidature d'Ursula von der Leyen, qui n'avait pas participé à la campagne électorale. Elle a été élue présidente de la Commission par le Parlement le 1er décembre 2019.
À l'occasion des élections de 2024, Ursula von der Leyen a été désignée comme Sptitzenkandidat par le PPE, qui est resté en tête. C'est elle qui a été proposée, à nouveau, par le Conseil européen comme présidente de la Commission. Elle a été élue par le Parlement le 18 juillet 2024 pour un second mandat (2024-2029).
Les autres commissaires sont proposés par le Conseil de l'UE, en accord avec le président élu de la Commission, et soumis à l'approbation du Parlement (qui dispose donc d'un droit de veto).
Le Parlement auditionne les candidats devant les commissions parlementaires concernées. L'étape de l'audition parlementaire n’est pas que formelle. De nombreux candidats commissaires ont été rejetés par le Parlement, pour divers motifs : idées politiques non conformes à celles du Parlement, manque de compétences, conflit d’intérêts, etc.
Si le Parlement approuve la liste des commissaires, ceux-ci sont nommés par le Conseil européen à la majorité qualifiée.
La question du nombre de commissaires européens
Le traité de Lisbonne prévoyait qu’à partir du 1er novembre 2014, le nombre de commissaires correspondrait aux deux tiers des États membres.
Faute d’accord de ces derniers, le Conseil européen est revenu à ses propositions de 2008, réitérées en 2009, qui font que le nombre de commissaires reste égal à un par État membre. Ils sont donc aujourd'hui 27.
Dans leurs fonctions, les commissaires, bien que proposés par le Conseil, donc par les gouvernements, ne représentent pas leur État. Ils sont indépendants et ne doivent subir aucune pression dans l’exécution de leur mission.
Afin de garantir leur indépendance, les membres de la Commission sont soumis à certaines obligations : abstention de tout acte incompatible avec la fonction, interdiction d'exercer une activité professionnelle, devoir d'honnêteté (art. 245 du Traité sur le fonctionnement de l'Union européenne, TFUE).
En cas de violation de ces obligations ou de faute grave, les membres de la commission peuvent être démis par la Cour de justice de l’Union européenne (CJUE), à la demande du Conseil ou de la Commission (art. 247 TFUE).
La démission d'un commissionnaire peut également être remise volontairement ou d'office (art. 246).
La Commission dans son ensemble peut être censurée par le Parlement européen, à la majorité des deux tiers des voix exprimées et à la majorité de ses membres, ce qui entraîne sa démission collective (art. 234 TFUE).
