Le Conseil de l’Union européenne occupe deux fonctions principales : 

• il partage le pouvoir législatif et budgétaire avec le Parlement européen ;
• il conclut les accords internationaux au nom de l’UE.

C'est au sein du Conseil que les ministres nationaux de tous les pays de l'UE se réunissent pour négocier et adopter les lois (avec le Parlement européen) et coordonner les politiques de l'Union.

Le Conseil ne compte aucun membre fixe : il réunit les ministres de chaque État membre en fonction du sujet traité. Ceux-ci siègent dans l’une des dix formations compétentes par domaine d’activité (agriculture et pêche, affaires économiques et financières, justice et affaires intérieures…)

Il incombe au Conseil des affaires générales d'assurer la cohérence des travaux des différentes formations du Conseil.

Le Conseil se réunit à Bruxelles ou à Luxembourg, sur convocation de son président. La convocation peut être lancée à l'initiative du président du Conseil,  d’un des membres du Conseil, de la Commission européenne ou du Haut représentant de l’Union pour les affaires étrangères et la politique de sécurité.

La fréquence des sessions est variable selon les formations. Certaines sont ouvertes à la presse et au public pour satisfaire l’exigence de transparence. Chaque session du Conseil se compose de deux parties :

• les délibérations sur les actes législatifs de l’Union. Le Conseil siège alors en public ;
• les activités non législatives.

Les décisions sont prises en son sein selon trois modes de scrutins :

• unanimité ;
• majorité simple ;
• majorité qualifiée qui est le mode de vote habituel dans le cadre de la procédure législative ordinaire.

Le Conseil est assisté dans son fonctionnement par un secrétariat général. Le comité des représentants permanents des États auprès de l’Union européenne (COREPER) prépare tous les dossiers qui figurent à l’ordre du jour des différentes formations du Conseil et s’efforce de trouver des accords sur les différents points de divergence.

Chaque État membre préside à tour de rôle et pour six mois le Conseil. Une décision du Conseil de 2016 établit le calendrier des rotations jusqu'à 2030. Les réunions du Conseil sont présidées par le ministre compétent du pays assurant la présidence semestrielle du Conseil. Par exemple, chaque réunion de la formation "agriculture et pêche", entre janvier et juin 2024, durant la présidence belge, est présidée par le ministre belge en charge de l'agriculture.

Seul le "Conseil affaires étrangères" est doté, depuis la mise en œuvre du traité de Lisbonne, d’un président permanent : le Haut représentant de l’Union pour les affaires étrangères et la politique de sécurité.

Afin de rationaliser les activités du Conseil, la présidence est en fait assurée par des groupes prédéterminés de trois États membres (les trios). Durant 18 mois, les trois États qui vont successivement exercer la présidence élaborent un programme commun qui assure une continuité dans l’action.