La Commission européenne est chargée de la gestion des crédits européens de façon directe ou indirecte. Concrètement, on distingue trois modes de gestion des crédits :
- gestion directe : le financement de l’UE est géré directement par la Commission européenne ;
- gestion partagée : la Commission européenne et les autorités nationales gèrent conjointement le financement ;
- gestion indirecte : le financement est géré par des organisations partenaires ou d’autres autorités à l’intérieur ou à l’extérieur de l’UE.
En cas de paiement indu, la Commission coopère avec les États membres pour recouvrer les sommes.
Plan de relance : la Facilité pour la reprise et la résilience (FRR)
90% des fonds du plan NextGenerationEU sont acheminés par l'intermédiaire de la facilité pour la reprise et la résilience (FRR). Doté de 723,8 milliards d'euros, cet instrument propose aux pays européens subventions et prêts. Ces fonds sont destinés à soutenir les réformes dans les États membres et à faciliter les investissements rendus nécessaires par la crise Covid-19. Les versements sont échelonnés et conditionnés à l'approbation des projets nationaux soumis à la Commission.
Le budget peut être modifié après son adoption. En cas de circonstances exceptionnelles, la Commission peut en effet présenter des projets de budget rectificatifs, tout comme en France le Parlement peut adopter des lois de finances rectificatives.
Ainsi, en vertu de l’article 44 du Règlement financier de l'Union, la Commission peut présenter des projets de budget rectificatif sur les recettes dans trois cas :
- pour inscrire au budget le solde de l’exercice précédent ;
- pour réviser les prévisions de ressources propres sur la base de prévisions économiques mises à jour ;
- pour actualiser les prévisions révisées de ressources propres et d’autres recettes ou réviser la disponibilité des crédits de paiement et les besoins en crédits de paiement.
Les projets de budget rectificatif portant sur les dépenses ne sont autorisés qu’en cas de circonstances exceptionnelles ( par exemple, la guerre en Ukraine).
Le mécanisme de conditionnalité
Depuis 2021, le budget de l’Union bénéficie d’un niveau de protection supplémentaire en cas de violations des principes de l’État de droit susceptibles de porter atteinte aux intérêts financiers de l’Union européenne. Ce mécanisme résulte du Règlement du Parlement européen et du Conseil du 16 décembre 2020. Il autorise l'Union à suspendre des paiements ou appliquer des corrections financières.