L’administration pénitentiaire possède deux missions principales :

• mettre en œuvre l’exécution des condamnations pénales : prise en charge des personnes incarcérées en milieu fermé ou suivies en milieu ouvert. L'administration pénitentiaire doit garantir la sécurité publique en assurant la surveillance des personnes détenues ;
• favoriser l’individualisation des peines et la réinsertion sociale pour éviter toute récidive. Pour préparer ou accompagner la fin de la peine, l’administration pénitentiaire organise et participe à des dispositifs d’insertion proposés aux condamnés en partenariat avec d’autres acteurs publics ou associatifs.

L’administration pénitentiaire est une direction du ministère de la justice. Elle comprend :

• une administration centrale ;
• des services déconcentrés (directions interrégionales et une direction des services pénitentiaires d'outre-mer) ;
• les établissements pénitentiaires, au sein desquels les personnes sont incarcérées et les services pénitentiaires d'insertion et de probation, chargés d'accompagner, d'évaluer et de contrôler le respect des obligations des personnes suivies en milieu ouvert et incarcérées ; 
• deux services à compétence nationale : le Service national du renseignement pénitentiaire et l'agence du travail d'intérêt général et de l'insertion professionnelle des personnes placées sous main de justice ;
• un établissement public administratif chargé de la formation de tous les personnels pénitentiaires : l’École nationale d'administration pénitentiaire (ENAP).

En 2024, l'administration pénitentiaire comptait plus de 44 000 agents.