La présidence du Conseil d'État est assurée par le vice-président du Conseil d’État. Nommé par décret en Conseil des ministres, il dirige :
- les assemblées du Conseil d’État :
- l'assemblée du contentieux qui tranche les litiges complexes et importants,
- l'assemblée générale qui se réunit pour examiner les projets de texte gouvernementaux et parlementaires et les affaires soulevant des questions importantes. L'assemblée générale peut toutefois être présidée par le Premier ministre et, en son absence, par le garde des Sceaux (article L. 121-1 du code de justice administrative - CJA) ;
- l’ensemble de la juridiction administrative : tribunaux administratifs (TA), cours administratives d'appel (CAA), Cour nationale du droit d'asile (CNDA). À ce titre, le vice-président préside le Conseil supérieur des tribunaux administratifs et des cours administratives d’appel (art. L. 232-1 et s. du CJA).
Maintenue jusqu'à aujourd'hui, l’appellation "vice-président" est héritière de l’histoire
- sous l’Ancien Régime, le chancelier remplaçait le roi pour présider le Conseil d’État ;
- sous la IIIe République, un vice-président présidait le Conseil d’État en l’absence du garde des Sceaux ;
- sous la IVe République, le vice-président présidait l’assemblée générale du Conseil d’État en l’absence du chef du Gouvernement et du garde des Sceaux.
Considéré comme le premier fonctionnaire de l’État, le vice-président est placé comme tel dans les cérémonies publiques. Dans l'ordre protocolaire, il est au premier rang des autorités civiles et militaires de l'État après les membres du Gouvernement, les présidents des assemblées parlementaires et le président du Conseil constitutionnel. Le vice-président du Conseil d'État présente traditionnellement les vœux de l’administration française au président de la République.
Le secrétariat général du Conseil d’État assure le bon fonctionnement de l'ordre administratif (Conseil d’État, TA, CAA et CNDA) : le Conseil d’État régit par son biais sa propre gestion, son budget et ses personnels.
Nommé par décret du président de la République, le secrétaire général dirige sous l'autorité du vice-président les services du Conseil d’État et "prend les mesures nécessaires à la préparation de ses travaux, à leur organisation et à la gestion du corps des membres des tribunaux administratifs et des cours administratives d’appel" (art. R. 121-9 du CJA).
La mission d'inspection des juridictions administratives (art. L. 112-5 du CJA) assure une fonction de contrôle de l'organisation et du fonctionnement des juridictions. Exercée sous l’autorité directe du vice-président, elle assure plusieurs missions :
- inspection annuelle des juridictions ;
- diffusion des bonnes pratiques au sein des juridictions ;
- traitement des demandes des parties pour durée excessive de procédure devant les juridictions.