La nature inquisitoriale de la procédure suivie devant les juridictions administratives tient principalement à l’importance du rôle du juge : il dirige seul l’instruction (contrairement au modèle accusatoire, où le rôle des parties est privilégié).
Immédiatement après l’enregistrement de la requête au greffe, le président du tribunal désigne un juge rapporteur qui sera chargé de l’instruction du dossier. Ce dernier va mettre lui-même en cause l’adversaire du requérant et faire office d’intermédiaire dans la communication des pièces et mémoires des parties. Il intervient également dans tous les incidents de l’instance, peut exiger des parties la production de certaines pièces et veille au respect par les parties du principe du contradictoire, c'est-à-dire la communication des arguments et pièces présentés par la partie adverse. Cet interventionnisme du juge s’explique par la nécessité de rééquilibrer la situation respective des parties par nature inégalitaire dans un procès administratif puisqu'il oppose un administré à une administration.
La procédure est intégralement écrite. Les parties doivent présenter leurs conclusions et leurs arguments sous forme de mémoires rédigés en français. Si les observations orales sont admises à l’audience, le juge ne peut se prononcer que sur pièces. Néanmoins, du fait du développement des procédures de référé, lorsque le juge administratif se prononce en urgence, il est possible pour les parties de développer pendant l’audience des moyens nouveaux qui n’avaient pas été invoqués à l’écrit.
Le rapporteur public est un membre du Conseil d’État qui intervient pour donner un avis juridique éclairé sur la solution à donner au litige, en toute indépendance. Il prononce ses conclusions lors de l'audience, une fois que le magistrat chargé du dossier a établi un rapport synthétisant les éléments de fait et le(s) problème(s) de droit en cause. Le rapporteur public peut être dispensé de prononcer ses conclusions dans certaines matières, lorsque l'affaire ne présente pas de difficulté.
Les parties (administré qui a déposé la requête et, en défense, administration mise en cause) disposent ensuite d'un tour de parole pour d'éventuelles observations, sans toutefois pouvoir développer de nouveaux arguments par rapport aux mémoires écrits. Le tribunal se retire pour délibérer. Les juges débattent sans la présence du rapporteur public et des parties.
La décision est rendue en audience publique dans un délai de 15 jours environ.
