Le Parlement (Assemblée nationale et Sénat) dispose de plusieurs prérogatives en matière européenne, renforcées par la révision constitutionnelle du 4 février 2008 qui a été nécessaire pour la ratification du traité de Lisbonne, puis par la révision du 23 juillet 2008 : 

• les projets et propositions d'actes de l'Union européenne (UE) lui sont obligatoirement soumis par le gouvernement, dès leur transmission au Conseil. Les assemblées peuvent adopter des résolutions européennes sur ces textes, qui n'ont pas de valeur juridique (article 88-4 de la Constitution) ;
• il peut autoriser, à la majorité des trois cinquièmes pour chaque chambre, l'adoption d'un projet de loi autorisant la ratification d'un traité relatif à l'adhésion d'un État à l'UE (art. 88-5) ; 
• il peut émettre un avis motivé sur la conformité des projets d'actes législatifs de l'UE au principe de subsidiarité (art. 88-6). L'avis est transféré aux présidents du Parlement européen, de la Commission européenne et du Conseil. Cette prérogative résulte du rôle conféré aux parlements nationaux par le traité de Lisbonne de veiller au respect du principe de subsidiarité ; 
• il peut saisir la Cour de justice de l'Union européenne (CJUE) d'un recours contre un acte législatif de l'Union pour violation du principe de subsidiarité (art. 88-6). Le recours est transmis par le gouvernement ; 
• il dispose du droit de s'opposer à certains procédures : révision simplifiée des traités de l'Union (clause passerelle) et propositions de mesures de coopération judiciaire en matière civile élaborées selon la procédure législative ordinaire (art. 88-7). Le traité de Lisbonne prévoit dans ces deux cas un délai de six mois pour s'opposer à la mesure.

Au-delà des prérogatives conférées au parlement français par la Constitution, le traité de Lisbonne accorde une place à l'ensemble des parlements nationaux des États membres de l'UE : droit d'être destinataire de divers documents des institutions européennes, droit d'être informé de certaines procédures (procédure de révision des traités, demande d'adhésion d'un État à l'UE...).

Avec la révision constitutionnelle de 2008, les commissions aux affaires européennes ont succédé aux délégations parlementaires pour l'UE (créées en 1979). 

Chaque assemblée dispose, conformément à l'art. 88-4, d'une commission chargée des affaires européennes. Leur fonctionnement est similaire aux commissions parlementaires permanentes, avec des missions spécifiques :

• elles instruisent les textes qui leur sont transmis et adoptent le cas échéant des propositions de résolution qui peuvent faire l’objet d’un vote en séance publique des assemblées. Le gouvernement français n’est pas lié par les résolutions votées, qui n’en ont pas moins une portée politique ;
• elles exercent une mission d’information, publiant chaque mois une sélection des derniers documents européens transmis, assortie de leur analyse ;
• elles peuvent auditionner des ministres ainsi que des représentants des instances européennes.

Les commissions aux affaires européennes peuvent également apporter des éclairages à l'occasion de l'examen de projets et de propositions de loi qui portent sur un domaine couvert par l'UE.

Elles travaillent en lien avec les institutions de l'UE (Parlement européen et Commission). Ses membres participent à la Conférence des organes spécialisés dans les affaires européennes, organe de coopération réunissant les commissions des parlements nationaux et les représentants du Parlement européen.