Le juge des enfants est investi d’une mission de sauvegarde des mineurs en danger, définie par l’ordonnance du 23 décembre 1958 relative à la protection de l'enfance et de l'adolescence en danger. Il est principalement chargé de prendre des mesures d’assistance éducative "si la santé, la sécurité ou la moralité d’un mineur non émancipé sont en danger, ou si les conditions de son éducation ou de son développement physique, affectif, intellectuel et social sont gravement compromises" (article 375 du code civil). Il peut s’agir par exemple de :

• faire suivre la famille par un service spécialisé, qui met en place un accompagnement social et éducatif ; 
• mettre en place une médiation familiale ;
• dans les cas les plus graves, décider d'une mesure de placement (chez un membre de la famille, en famille d'accueil, dans un établissement spécialisé...). 

Le juge des enfants est assisté dans l’exercice de ses missions par de multiples partenaires, dont les services de l’aide sociale à l’enfance (ASE), les personnels de la protection judiciaire de la jeunesse (PJJ) et diverses associations et spécialistes du domaine de la protection de l’enfance qui assurent son information et le suivi de ses décisions.

En matière pénale, la mission du juge des enfants est définie par le code de la justice pénale des mineurs, qui pose le principe d’une justice pénale des mineurs à la fois protectrice et répressive. 

Selon la nature de l'infraction, le juge des enfants statue seul ou aux côtés d'assesseurs  : 

• il juge seul des contraventions de 5e classe et des délits les moins graves (les contraventions des quatre premières classes sont jugées par le tribunal de police) ; 
• il siège aux côtés de deux assesseurs, au sein du tribunal pour enfants, pour les délits et crimes plus graves, à l'exception des crimes commis par les mineurs âgés de plus de 16 ans, qui sont jugés par la cour d'assises.

En matière de justice répressive des mineurs, c’est l’exigence de personnalisation de la réponse pénale qui prévaut, c’est-à-dire le fait de tenir compte des circonstances de l’infraction et de la personnalité de l’auteur, afin d’assurer à la peine une dimension éducative et de prévenir au maximum la récidive. Le code de la justice pénale des mineurs instaure une mesure éducative judiciaire unique. Prononcée par le juge, elle peut comporter différents modules (insertion, placement, santé, réparation de l'infraction commise). 

Une fois les mineurs condamnés, ceux-ci sont pris en charge par les services de la protection judiciaire de la jeunesse (PJJ). 

Le juge des enfants exerce également les fonctions dévolues au juge d’application des peines : il détermine les modalités de l'application des condamnations pénales prononcées et des mesures éducatives judiciaires mises en place. Il peut décider de modifier ces modalités et le contenu des mesures ou en ordonner la mainlevée.