La plus haute juridiction financière est aujourd'hui un des grands corps de l’État.

Ainsi que le prévoit le premier alinéa de l’article 47-2 de la Constitution, « la Cour des comptes assiste le Parlement dans le contrôle de l’action du Gouvernement. Elle assiste le Parlement et le Gouvernement dans le contrôle de l’exécution des lois de finances et de l’application des lois de financement de la sécurité sociale ainsi que dans l’évaluation des politiques publiques. Par ses rapports publics, elle contribue à l’information des citoyens. »

Le premier article du Code des juridictions financières fixe la mission historique de la Cour des comptes, le jugement des comptes : « La Cour des comptes juge les comptes des comptables publics, sous réserve de la compétence que les dispositions du présent code attribuent, en premier ressort, aux chambres régionales et territoriales des comptes. Elle statue sur les appels formés contre les décisions juridictionnelles rendues par les chambres régionales et territoriales des comptes » (art. L. 111-1 CJF).

Ainsi que l’a jugé le Conseil constitutionnel, « en vertu du code des juridictions financières, la Cour des comptes est une juridiction administrative ; […] la Constitution garantit son indépendance par rapport au pouvoir législatif et au pouvoir exécutif ; […] si certaines de ses missions, notamment de vérification des comptes et de la gestion, ne revêtent pas un caractère juridictionnel, elles peuvent révéler des irrégularités appelant la mise en oeuvre d’une procédure juridictionnelle ; […] par suite, l’obligation qui est faite à la Cour des comptes […] de communiquer le projet de son programme de contrôles aux présidents et aux rapporteurs généraux des commissions de l’Assemblée nationale et du Sénat chargées des finances ainsi que la possibilité qui est offerte à ces derniers de présenter leurs avis sur ce projet sont de nature à porter atteinte à son indépendance ». (Conseil constitutionnel, décision no 2001-448 DC, 25 juillet 2001, cons. 106).