Certaines juridictions spécialisées sont dotées de compétences en matière civile :

• les tribunaux de commerce jugent les litiges entre commerçants et particuliers ou entre commerçants entre eux (ainsi qu'entre artisans depuis le 1er janvier 2022) et les contestations relatives aux sociétés commerciales ou aux actes de commerce. Ils sont aussi compétents en matière de redressement et de liquidation judiciaires lorsque des commerçants ou des artisans sont concernés. Ils sont composés de juges non professionnels élus par leurs pairs ;
• les conseils de prud'hommes tranchent les litiges entre salariés ou apprentis et employeurs concernant la formation, l’exécution et la rupture du contrat de travail. Ils s'agit de juridictions paritaires composées de représentants des salariés et des employeurs ;
• les tribunaux paritaires des baux ruraux (TPBR) jugent les litiges entre propriétaires et exploitants de terres ou bâtiments agricoles. Ils sont composés d’un juge professionnel qui préside les audiences et de quatre juges non professionnels : deux représentants des propriétaires et deux représentants des exploitants.

En matière pénale, certaines infractions graves et/ou complexes relèvent de formations ou juridictions spécialisées. Par exemple, une cour d’assises spécialisée, exclusivement composée de magistrats professionnels, est compétente en matière terroriste. Des juridictions interrérionales spécialisées (JIRS) et, à Paris, la juridiction nationale de lutte contre la criminalité organisée (JUNALCO), jugent des affaires de crime organisé et de délinquance financière lorsqu'elles sont d'une grande complexité. Un pôle national de lutte contre la haine en ligne a également été créé en 2020 au sein du tribunal judiciaire de Paris afin de lutter contre les propos haineux ou discriminatoires et les appels à la violence dans l'espace numérique. 

Les infractions pénales commises dans le domaine maritime relèvent de la compétence exclusive des tribunaux maritimes, juridictions spécialisées situées auprès de tribunaux judiciaires et couvrant l'ensemble du territoire français. 

En matière environnementale et sanitaire, plusieurs juridictions et pôles spécialisés ont été créés, comme les juridictions du littoral spécialisées (JULIS), en matière de pollution des eaux marines et des voies ouvertes à la navigation maritime, les pôles régionaux spécialisés en matière d'atteintes à l'environnement, instaurés au sein d'un tribunal judiciaire dans le ressort de chaque cour d'appel ou encore les pôles de santé publique et de l'environnement (PSPE), qu'on retrouve aux tribunaux judiciaires de Paris et Marseille. 

Les infractions commises dans le cadre de certaines fonctions relèvent de la compétence de juridictions spécialisées : 

• en matière militaire, chaque cour d’appel possède une juridiction spéciale, chargée de juger les crimes et délits commis en temps de paix par des militaires dans l'exercice de leur service sur le territoire. Les infractions commises hors du pays sont jugées par une formation spécialisée du tribunal judiciaire de Paris. D’autres juridictions spécialisées sont prévues pour juger les militaires en temps de guerre ;
• en matière politique, les crimes et délits commis par les membres du gouvernement dans l'exercice de leur fonction relèvent de la Cour de justice de la République. Le président de la République, lui peut être destitué par la Haute Cour en cas de "manquement à ses devoirs manifestement incompatible avec l’exercice de son mandat" (article 68 de la Constitution).

Certaines juridictions de l'ordre administratif sont spécialisées : 

• la Cour nationale du droit d’asile (CNDA) est compétente pour examiner les recours formés contre les décisions de l'Office français de protection des réfugiés et apatrides (OFPRA) en matière de demande d’asile ; 
• la Cour des comptes est une juridiction financière chargée du contentieux de la responsabilité financière des gestionnaires publics et du contrôle de la bonne utilisation des comptes publics.