Le Tribunal des conflits intervient dans différentes situations afin de déterminer la juridiction compétente :
- lorsque l’administration, représentée par le préfet de département, estime que le litige dont s'est saisi le juge judiciaire relève de la compétence du juge administratif. On parle de "conflit positif" ;
- lorsque le juge judiciaire et le juge administratif se déclarent tous deux incompétents pour juger d’un même litige. On parle de "conflit négatif" ;
- lorsqu'il est saisi par une juridiction, en prévention d'un conflit, notamment sur une question de compétence soulevant une difficulté sérieuse et mettant en jeu la séparation des ordres.
Le Tribunal des conflits est également compétent :
- lorsque les décisions rendues par le juge judiciaire et le juge administratif pour des litiges portant sur le même objet présentent une contrariété, plaçant le justiciable dans l’impossibilité d’obtenir une réponse judiciaire (déni de justice). On parle de "conflit de décisions". Le Tribunal des conflits peut alors rejuger l’affaire lui-même ;
- lorsqu'une partie souhaite exercer un recours en responsabilité contre l’État pour obtenir indemnisation du préjudice découlant d'une durée excessive de l'ensemble des procédures. Cette procédure a été appliquée pour la première fois par un arrêt du 9 décembre 2019.
Les décisions du Tribunal des conflits s'imposent à toutes les juridictions de l'ordre judiciaire et de l'ordre administratif. Elles ne sont susceptibles d'aucun recours (sauf en matière d’interprétation et de rectification).
Pour préserver la neutralité du Tribunal des conflits, sa composition est paritaire :
- quatre membres de la Cour de cassation (juridiction suprême de l'ordre judiciaire) ;
- quatre membres du Conseil d’État (juridiction suprême de l'ordre administratif).
La présidence du Tribunal est assurée alternativement par un membre du Conseil d’État et par un membre de la Cour de cassation.
Jusqu'en 2015, en cas de partage égal des voix, le ministre de la justice intervenait comme départiteur. Aujourd'hui, c'est une composition élargie qui réexamine l'affaire. Elle est composée des huit juges de la formation ordinaire, auxquels s'ajoutent quatre autres membres (deux du Conseil d’État et deux de la Cour de cassation).
Le Tribunal des conflits a joué un rôle fondamental dans la construction d’un droit spécifique à l’administration et dans la protection des prérogatives du juge administratif par rapport aux empiétements du juge judiciaire.