La distinction entre les deux ordres de juridiction est consacrée par la loi des 16 et 24 août 1790 qui interdit aux juges judiciaires de connaître des contentieux relatifs à l’administration ou au travail des fonctionnaires.
L’administration n’est pas pour autant soustraite à tout contrôle juridictionnel : des tribunaux spécifiques sont créés pour connaître des litiges impliquant les personnes publiques. Originellement très dépendantes du pouvoir exécutif, ces juridictions ont peu à peu acquis une autonomie et une impartialité équivalentes à celles caractérisant la justice judiciaire :
- en 1889, par un arrêt Cadot, le Conseil d’État affirme que tous les litiges de l’ordre administratif peuvent désormais être portés devant lui ;
- en 1953, sont créés les tribunaux administratifs (les juges de droit commun en matière administrative) ;
- en 1987, sont créées les cours administratives d’appel pour faire face à l’engorgement du Conseil d’État ;
- en 1987, l’existence d’un ordre juridictionnel administratif indépendant est consacrée comme un principe à valeur constitutionnelle.
À l’intérieur de chaque ordre (l’ordre judiciaire et l’ordre administratif), les tribunaux et cours sont agencés selon une structure pyramidale :
- les juridictions de première instance (ou de premier degré) constituent la base de cette organisation (tribunal administratif, tribunal judiciaire, tribunal correctionnel, tribunal de police, cour d’assises, tribunal de commerce, Conseil de Prud’hommes et le Conseil d’État en tant que juge de premier et dernier ressort) ;
- les juridictions d’appel (ou de second degré) jugent les recours formés contre les décisions prises par les juridictions de première instance (cour administrative d’appel, cour d'appel, cour d’assises d’appel et le Conseil d’État en tant que juge d’appel) ;
- au sommet de chaque ordre, une juridiction de cassation est chargée de contrôler et d’harmoniser l’application de la loi telle qu’elle est mise en œuvre par les autres juges (qu’on appelle les "juges du fond"). Il s’agit de la Cour de cassation pour l’ordre judiciaire et du Conseil d’État pour l’ordre administratif.
Les tribunaux judiciaires et administratifs peuvent être en désaccord à propos du tribunal compétent pour juger d’un litige. Ces conflits de compétence entre les deux ordres sont réglés par le Tribunal des conflits. Instituée par la loi du 24 mai 1872, cette juridiction paritaire comprend des représentants du Conseil d’État et de la Cour de cassation.
