Le Conseil d’État assure, depuis le 1er janvier 1990, la gestion budgétaire, matérielle et humaine des tribunaux administratifs (TA) – jusqu'alors celle-ci était assurée par le ministère de l’Intérieur – ainsi que celle des cours administratives d’appel (CAA). Cette gestion par la plus haute juridiction de l'ordre administratif permet d'assurer une indépendance à l'égard du pouvoir exécutif.

Elle s’étend aux 42 TA (dont 11 sont situés en outre-mer) et aux 9 CAA. Le vice-président du Conseil d’État ordonne les dépenses des tribunaux administratifs et des cours administratives d’appel. Sous l'autorité du vice-président, le secrétaire général du Conseil d’État dirige les services et assure la gestion des membres des TA, des CAA et de la Cour nationale du droit d’asile (CNDA), juridiction spécialisée de l'ordre administratif. Les chefs de juridiction sont également associés à la gestion de leur juridiction.

Le Conseil d’État est doté d'une mission permanente d'inspection à l'égard des juridictions administratives, qui contrôle et évalue l'organisation et le bon fonctionnement des juridictions : visites d'inspection, audit, recommandations pour améliorer le service de la justice administrative...

La formation des membres et des agents de toutes les juridictions gérées par le secrétaire général est assurée par le centre de formation de la juridiction administrative (CFJA). 

Il s’agit d’une direction des services du Conseil d’État dont la mission est d’assurer la formation initiale et continue de plus de 4 000 personnels dont les fonctions et statuts diffèrent (magistrats, agents de greffe, agents de la Cour nationale du droit d’asile, membres et agents du Conseil d’État).