Le parquet désigne l’organisation de l’ensemble des magistrats du ministère public. Ces magistrats, appelés "magistrats du parquet", sont chargés de requérir l’application de la loi et de conduire l’action pénale au nom des intérêts de la société. Ils sont placés sous l'autorité du ministère de la justice. L’ensemble des magistrats d’un même parquet est indivisible et substituable, ce qui signifie que chacun d’entre eux peut représenter indifféremment le ministère public au cours de la procédure.

Le parquet est organisé différemment selon le niveau de juridiction : 

• dans chaque tribunal judiciaire (juridiction compétente en première instance pour les affaires civiles, pénales et commerciales), le parquet comprend un procureur de la République, éventuellement assisté de procureurs adjoints, de vice-procureurs et de substituts. Le parquet est chargé de la représentation du ministère public auprès du tribunal correctionnel (chargé de la répression des délits), des juridictions pour mineurs, du juge d’instruction et des formations civiles du tribunal judiciaire ; 
• à l’échelle de la cour d’appel, de la cour d'assises (chargée de la répression des crimes) et de la Cour de cassation, le parquet est dit "général". Il comprend un procureur général assisté d’avocats généraux (qui, en dépit de leur nom, ne sont pas des avocats mais des magistrats) et de substituts généraux. 

Le parquet exerce la mission générale de veiller à l’application de la loi au nom du respect des intérêts fondamentaux de la société.

Cette mission prend la forme d’activités diverses :

• exercice de l’action pénale selon le principe de l’opportunité des poursuites, en application de la politique pénale dont les orientations sont définies par le Gouvernement ;
• exécution des décisions pénales définitives ;
• protection de l’enfance en danger ;
• intervention dans certaines procédures civiles, quand la loi le prévoit et pour la défense de l’ordre public ;
• participation aux politiques publiques locales en matière de sécurité et de prévention de la délinquance.

Conformément à l'article 5 de l’ordonnance du 22 décembre 1958 portant loi organique relative au statut de la magistrature, les magistrats du parquet sont soumis à une double hiérarchie :

• celle de leurs chefs hiérarchiques ;
• celle du Garde des sceaux, ministre de la justice.

Cette subordination hiérarchique permet une application uniforme de la politique pénale sur tout le territoire. Toutefois, depuis une loi du 25 juillet 2013, la subordination au ministre de la justice ne peut plus se traduire par des instructions dans les affaires individuelles. Les magistrats du parquet ne peuvent désormais recevoir que des instructions ministérielles générales de politique pénale.

Le Conseil constitutionnel considère que la subordination du parquet à l'exécutif est conforme à la Constitution, et rappelle les différents pouvoirs dont disposent les magistrats du parquet : libre exercice de l'action publique, opportunité des poursuites, libre parole à l'audience... (décision QPC du 8 décembre 2017, Union syndicale des magistrats).

Le statut des magistrats du parquet fait tout de même l'objet de débats. La Cour européenne des droits de l'homme (CEDH) considère que le parquet français ne présente par les garanties d'indépendance et d'impartialité requises pour en faire une autorité judiciaire (arrêt du 10 juillet 2008, Medvedyev c. France). Plusieurs rapports ont ainsi proposé une réforme du statut des magistrats du parquet visant à renforcer leur indépendance (rapport Refonder le ministère public de Jean-Louis Nadal de 2013, rapport Refaire la démocratie de Claude Bartolone et Michel Winock de 2015). Parmi les réformes les plus discutées figure la nomination des magistrats du parquet sur avis conforme (obligatoire à prendre en compte) du Conseil supérieur de la magistrature, qui ne rend actuellement qu'un avis simple. Certains prônent également l'extension du principe d'inamovibilité, aujourd'hui réservée aux magistrats du siège, aux magistrats du parquet.