Chaque chambre (Sénat ou Assemblée nationale) adopte son propre Règlement. Celui-ci détermine les règles de procédure et la composition des organes de l’assemblée. Certaines normes d’organisation interne sont précisées dans l’Instruction générale du Bureau.
Avant 1958, les assemblées fixaient leur Règlement souverainement. Les Règlements des assemblées sont désormais soumis au contrôle du Conseil constitutionnel (vérification de la conformité du Règlement à la Constitution).
Les assemblées ont un statut financier particulier. Une commission commune, présidée par un membre de la Cour des comptes et composée de questeurs des deux chambres, fixent les crédits nécessaires au fonctionnement de chaque chambre. Les crédits sont automatiquement inscrits au budget de l’État.
Les chambres jouissent d’une autonomie complète de gestion. Dans chaque assemblée, l'exécution du budget fait l'objet d'un contrôle par une commission interne, qui rédige chaque année un rapport rendu public.
Au titre de l’autonomie administrative, chaque assemblée dispose de ses corps de fonctionnaires, recrutés par concours. Ils assurent des tâches diverses (aide juridique et technique, tâches administratives et de gestion...) visant à aider les parlementaires à accomplir leur mandat. Ils sont indépendants et soumis à un devoir de neutralité politique.
Les présidents des assemblées assurent le maintien de l’ordre dans l’enceinte parlementaire et peuvent requérir les forces de l’ordre pour en protéger les abords. Le palais Bourbon (Assemblée nationale) et le palais du Luxembourg (Sénat) sont ainsi surveillés par des gardes républicains mis à leur disposition.