En vertu d'une tradition républicaine, les rapports du président de la République avec le Parlement sont restreints et codifiés.
Le président de la République ne peut pas participer aux séances des assemblées (Assemblée nationale et Sénat). La seule prérogative dont il dispose à leur égard est de s'adresser à elles par le biais de son droit de message. Le cas échéant, le Parlement est spécialement réuni pour l’entendre. Ces messages sont lus par le président de chaque assemblée et aucun débat n’est possible.
Une des innovations de la loi constitutionnelle du 23 juillet 2008 est de permettre au président de la République de prendre la parole devant les deux assemblées réunies en Congrès. Son discours peut alors être suivi d’un débat sans vote et hors de sa présence (article 18 de la Constitution).
Le président de la République exerce des prérogatives liées au Parlement :
- ouverture et clôture des sessions extraordinaires par décret présidentiel ;
- demande au Parlement d’effectuer une nouvelle délibération sur une loi adoptée par lui, ou sur certains articles ;
- promulgation des lois ;
- saisine du Conseil constitutionnel sur une loi adoptée ;
- choix de convoquer le Congrès pour approuver une loi constitutionnelle ;
- dissolution de l’Assemblée nationale, après avis des présidents des deux assemblées et du Premier ministre, un an au moins après une précédente dissolution, et sauf en cas d’exercice des pouvoirs spéciaux et d’intérim de la présidence de la République. La dissolution met fin au mandat des députés en fonction et entraîne l'organisation de nouvelles élections législatives.
Le Parlement dispose envers le président de la République, en principe irresponsable, du pouvoir de le destituer "en cas de manquement à ses devoirs manifestement incompatible avec l’exercice de son mandat" (article 68 de la Constitution). Il peut s'agir d'un comportement politique, mais aussi privé, qui ne constitue pas une infraction pénale.
Le Parlement est alors constitué en Haute Cour. Les décisions de la Haute Cour sont prises à la majorité des deux tiers de ses membres.
