Le Conseil d’État est présidé en droit par le Premier ministre, mais sa présidence effective revient à son vice-président. Onze vice-présidents se sont succédé depuis 1944, ce qui témoigne de l’extrême stabilité de l’institution.
Depuis 5 janvier 2022, le vice-président du Conseil d’État est Didier-Roland Tabuteau, successeur de Bruno Lasserre (2018-2022).

Pour examiner les projets de loi et la règlementation qui lui sont soumis par le Gouvernement ou le Parlement, le Conseil d'État est organisé en cinq sections consultatives : section des finances, section de l’intérieur, section sociale, section des travaux publics, section de l’administration.

La plupart des avis sont rendus par l’une des sections. Les textes les plus importants (projets de révision constitutionnelle, par exemple) sont examinés par l’Assemblée générale qui réunit les conseillers d'État de toutes les sections consultatives.

Les décisions urgentes sont prises par la commission permanente (vice-président, un président de section et douze conseillers d’État).

La section du contentieux est composée de dix chambres ayant chacune un domaine de compétence propre. Par exemple, la 1ère chambre traite des litiges liés à l'aide sociale, la santé et l'urbanisme, notamment. Certaines matières sont partagées entre les chambres (élections, agents publics...). Le bureau des référés traite les recours déposés en urgence devant le Conseil d'État.

Après le dépôt d'un recours par un citoyen, l'affaire est instruite par la section du contentieux par un rapporteur. Une audience est ensuite organisée. Lors du délibéré, les juges peuvent être de 3 à 17 selon la complexité de l'affaire. La décision est adoptée à la majorité des membres de la formation du jugement.

La section du rapport et des études prépare le rapport annuel. Elle produit des études sur des questions juridiques et peut organiser des colloques ou cycles de conférences. 

Elle veille à l’exécution des décisions de justice du Conseil d'État et assure des missions de coopération internationale.