Le Conseil des ministres se réunit une fois par semaine, traditionnellement le mercredi, à l'Élysée.

C'est le président de la République qui le préside (article 9 de la Constitution). Il peut exceptionnellement déléguer la présidence d'un Conseil au Premier ministre, pour un ordre du jour déterminé (article 21). 

Outre les ministres, les secrétaires d’État y siègent normalement lorsque des affaires de leur compétence y sont évoquées. Le Secrétaire général du Gouvernement et le Secrétaire général de la présidence de la République y assistent également. 

L'ordre du jour est déterminé de manière conjointe par le Président et le Premier ministre.

La réunion comporte trois temps distincts :

• le premier est consacré aux textes de portée générale − projets de lois, ordonnances, décrets −, pour lesquels une délibération du Conseil est nécessaire ;
• dans un deuxième temps, sont abordées les décisions individuelles, essentiellement les nominations des hauts fonctionnaires (listés à l'article 13 de la Constitution) ;
• le troisième temps est généralement consacré à l’exposé d’un ministre, qui peut présenter l’état d’avancement d’une réforme dont il a la charge, ou à une intervention du Président, qui peut solliciter sur un point particulier l’avis des participants. Chaque semaine, le ministre des affaires étrangères fait un point sur la situation internationale.

L'engagement de la responsabilité du Gouvernement par le Premier ministre (article 49) est également délibérée en Conseil des ministres. 

À la fin du Conseil des ministres, le Secrétaire général du Gouvernement rédige un "relevé de décisions" rendant compte et attestant des décisions prises. Le Secrétariat général du Gouvernement rédige également un compte rendu intégral des délibérations. Le communiqué distribué aux médias, préparé à l’avance est, au besoin, actualisé.